Oprindeligt en illyrisk by, men blev i 167 f.Kr. erobret af Romerne. Byen hørte senere under både Det Byzantinske Imperium og Venedig før byen blev forladt i middelalderen.
Ruinerne som blev udgravet efter 2. verdenskrig omfatter et amfiteater, et romersk bad, et kapel fra det 5. århundrede, en basilika fra det 6. århundrede, en byport (kaldet Løveporten) og et venetiansk slot fra middelalderen som er museum i dag.
Resterne af Butrint er på UNESCOs Verdensarvsliste. I 1997 blev det overført til listen over verdensarvssteder som er i fare på grund af tyveri og mangel på beskyttelse og restaurering. I 2005 da forholdene var blevet forbedret blev Butrint fjernet fra listen over truede steder igen.
Butrint kan nås fra Saranda ad en vej som blev bygget i 1959 til et besøg af Nikita Khrusjtjov.